Warisan budaya benda, bangunan, strukrur, situs, kawasan di darat dan/atau air yang perlu dilestarikan keberadaanya karena memiliki nilai penting yang telah tercatat di daftar warisan budaya daerah tetapi belum ditetapkan sebagai cagar budaya. Sinduharjo juga terdapat Bangunan-bangunan bergaya tradisional, masih dapat dijumpai di seluruh Padukuhan yang ada di Desa
Sinduharjo, misalnya rumah kampung, limasan. Namun, untuk rumah berbentuk joglo dan pendhapa, jumlahnya sangat sedikit. Rumah-rumah berbentuk limasan hingga saat ini masih digunakan untuk rumah tinggal.
Di Kalurahan Sinduharjo, tepatnya di Padukuhan Palgading ada salah satu situs yang sudah menjadi cagar budaya yaitu Situs atau Candi Palgading. Candi Palgading ini ditemukan pada tahun 2006 dan dilakukan pemugaran beberapa kali. Candi ini sudah menjadi cagar budaya dan dilindungi oleh Balai Pelestarian Cagar Budaya Yogyakarta.
Selain Candi Palgading, ada beberapa situs maupun warisan budaya yang masih ada dan dirawat oleh masyarakat di Kalurahan Sinduharjo. Seperti umbul, makam, belik dan padepokan. Berikut warisan budaya yang ada di berbagai Padukuhan di Kalurahan Sinduharjo :
- Gadingan: Watu Gilang
- Pedak: Makam Tentara Jepang
- Ngemplak: Pancuran Wadon
- Taraman: Makam/Petilasan Ki Ageng Mataram, Ki Ageng Penggung, dan Imam Besari
- Nglaban: Belik Belondo, Belik Lanang, Belik Wedhok
- Palgading: Candi Palgading
- Banteng: Makam Dalang Ki Gondho Laksono
- Lojajar: Sendang/Umbul Temanten
- Ngentak: Padepokan Eyang Rohani
- Jaban: Sendang/Umbul Rohani
